El Dorado de la medicina a medida

La secuenciación del genoma del virus SARS-CoV-2 permitió identificar y seguir sus mutaciones. Adaptada al genoma humano, esta tecnología de punta suscita muchas promesas e inversiones. Pero, ¿se justifica su preeminencia? ¿No lleva acaso a descuidar elementos clave de la salud pública y la búsqueda de las causas socio-económicas y ambientales de las enfermedades?

“Creo que dentro de cincuenta años, si la sociedad y la sanidad se organizan de la misma manera, obtener el genoma de la célula cancerosa o el genoma del paciente será tan automático como tener su documento de identidad”, asegura el profesor Jean-Yves Blay en su despacho del Centro Oncológico Léon-Bérard, en Lyon. Tras una pausa, agrega: “Y costará 100 euros”. Este renombrado oncólogo hace gala de un entusiasmo contagioso cuando habla de las virtudes de la secuenciación del genoma humano, cuya generalización están haciendo posible las máquinas de nueva generación. Dos de estas máquinas de muy alta velocidad están funcionando no muy lejos del despacho de Blay, en una sala blanca en la planta baja del Hospital Édouard-Herriot. Excepto por la pantalla táctil y un potente zumbido, no hay ninguna indicación de lo que sucede en el interior. Se trata de dos NovaSeq 6000, de la empresa estadounidense Illumina, el más potente de los secuenciadores. Y el más caro: 1 millón de euros cada uno. Estos cubos imponentes de líneas sobrias permiten realizar exámenes completos cada vez más rápidos y a costos unitarios mucho menores.

Estas máquinas pertenecen al consorcio Auragen, que agrupa, bajo la dirección científica de Blay, a los cuatro centros hospitalarios de la región Auvernia-Ródano-Alpes, así como a varios centros de cancerología y universidades. Con SeqOIA, otra agrupación de naturaleza similar en la región parisina, estas plataformas de producción de datos genómicos humanos constituyen las dos primeras de las doce previstas por el plan Francia Medicina Genómica 2025 (FMG 25). Este plan pretende simplificar los análisis del ADN dotando a Francia de la infraestructura necesaria para realizar estudios de población y secuenciar 220.000 genomas al año.

¿Un mundo libre de enfermedades?
“Para tratar mañana de una forma adaptada al capital humano de cada uno, necesitamos conocer hoy el genoma de cada individuo”, declaraba Marisol Touraine, entonces ministra de Asuntos Sociales y de Salud, cuando se lanzó el plan en diciembre de 2016. Entre los objetivos del plan FMG 25, elaborados por la Alianza Nacional para las Ciencias de la Vida y la Salud (AVIESAN), este dispositivo aspira asimismo a “evitar que Francia pierda una oportunidad única de desarrollar un sector industrial nacional de alto valor estratégico, médico, científico y económico” en un contexto de fuerte competencia internacional (1). Esta “alianza temática de investigación”, creada en 2009, reúne a los principales institutos franceses de investigación en el ámbito de las ciencias de la vida y la salud y se define como “el interlocutor privilegiado de los industriales de la salud” (2).

“La ciencia del genoma revolucionará el diagnóstico, la prevención y el tratamiento de la mayoría de las enfermedades humanas, sino de todas –declaraba William Clinton, entonces presidente de Estados Unidos, en ocasión de la publicación de los primeros resultados de la secuenciación completa del genoma humano, el 26 de junio de 2000–. En los próximos años, los médicos incrementarán su capacidad de curar enfermedades como el Alzheimer, el Parkinson, la diabetes y el cáncer, abordando sus raíces genéticas. [...] De hecho, hoy es concebible que, para los hijos de nuestros hijos, el término “cáncer” no sea otra cosa que el nombre de una constelación”. Aun más enfáticamente, agregaba, en referencia a Galileo, que acabábamos de conocer “la lengua en la cual Dios creó la vida” (3).

Veinte años después, el análisis del genoma parece estar aún muy lejos de sostener esta promesa de un mundo libre de enfermedades. Las esperanzas que aporta han terminado por cristalizarse alrededor de un proyecto de revisión de la asistencia, cuya denominación más común es la de “medicina personalizada”, o “medicina 4P”, como “personalizada, preventiva, predictiva, participativa”. ¿Acaso la medicina no fue siempre personalizada? A pesar de esta denominación discutible, tal es la hoja de ruta en materia de salud de la mayor parte de los países industrializados. El plan FMG 25 es, para Francia, la punta de lanza de este nuevo paradigma de políticas sanitarias, que se supone reducirá los costos de los sistemas de salud, al tiempo que mejorará el diagnóstico y la curación.

Capacidad de almacenamiento
Damien Sanlaville, director médico de Auragen, nos llevó a conocer la plataforma de producción de datos del Hospital Édouard Herriot. En estos locales recién acondicionados, de alrededor de 100 metros cuadrados y de un costo de 10 millones de euros, flamantes máquinas realizan las operaciones biológicas de la secuenciación: extracción del ADN de las células, dosificación, preparación de las muestras y su paso por los secuenciadores. Los datos brutos obtenidos aún requieren un tratamiento informático en el Centro Hospitalario Universitario (CHU) de Grenoble-Alpes para poder ser explotados. “Sabemos perfectamente que vamos a producir datos importantes para entender muchas cosas –sostiene Sanlaville–. Realmente tengo muchas esperanzas. Este plan se inscribe en los cuidados”.

El mayor reto será mantener el ritmo, como nos explica en el CHU Grenoble-Alpes Julien Thévenon, codirector científico de Auragen: “Están los equipos de producción de secuencias, los secuenciadores, y los equipos de producción de análisis, las computadoras. Los dos secuenciadores de Lyon producen dos veces 24 genomas en cuarenta horas, que son 5 terabytes de datos. La perspectiva en modo rutinario de Auragen será producir 50 genomas cada día y, por tanto, más de 18.000 genomas al año. Habrá que generar este flujo y mantenerlo. En términos de datos, la perspectiva es producir y mantener entre 4 y 6 petabytes al año”.

Un petabyte (igual a mil terabytes) representa la información equivalente a 3,4 años de grabaciones de video en alta definición, las veinticuatro horas del día. Si las doce plataformas previstas por el plan FMG 25 son puestas en práctica, podrían analizar 220.000 genomas y producir alrededor de 60 petabytes de datos genómicos al año, lo cual requerirá capacidades colosales de almacenamiento. A la espera del despliegue completo del plan, el concurso para suministrar la infraestructura informática y de almacenamiento que requiere Auragen fue ganado por la empresa Atos, presidida durante diez años por el ex ministro de Economía, Thierry Breton, antes de ser nombrado Comisario Europeo para el Mercado Interno.

En 2015, un estudio contabilizaba ya 2.500 secuenciadores de alto rendimiento funcionando en casi 1.000 centros de 55 países, y se preocupaba por la creciente demanda de capacidad de almacenamiento de datos, superior a la de la astronomía (4). Tras haber completado su programa “100.000 Genomes Project”, en diciembre de 2018, el Reino Unido lanzó uno nuevo, que promete alcanzar rápidamente los 500.000 genomas secuenciados. Estados Unidos aspiraba a conseguir un millón de genomas en 2022. China, Arabia Saudita, Japón, Australia: la lista de los países que se lanzan a la secuenciación masiva crece. Pero ¿dónde yace exactamente el valor de este movimiento?

“La hipótesis es que, cuanta más información tengamos, más podremos afinar nuestro conocimiento de la enfermedad –explica (...)